Одним из важнейших направлений контрольной деятельности ВОФК в настоящее время является аудит эффективности. В качестве его основных целей рассматриваются: проведение независимого анализа (оценки) экономичности, продуктивности (экономической эффективности) и результативности использования государственных средств, оценка эффективности конкретных управленческих решений, а также разработка рекомендаций, способствующих повышению качества деятельности органов государственной власти. Аудит эффективности получает особенно широкое распространение в бюджетных системах, ориентированных не просто на обоснованное и целевое расходование средств, но на достижение конечного результата (например, бюджетирование ориентированное на результат) максимально эффективным способом. Аудит - это независимая экспертиза финансовой отчетности предприятия на основе проверки соблюдения порядка ведения бухгалтерского учета (документов Системы нормативного регулирования бухгалтерского учета), соответствия хозяйственных и финансовых операций законодательству России, полноты и точности отражения в финансовой отчетности деятельности предприятия. Аудит эффективности представляет собой тип финансового контроля экономических и социальных результатов. Результаты определяются путем проведения проверок исполнения бюджета на объектах контрольного мероприятия.